一、在法院是否可以协议离婚
根据《婚姻法》第三十一条的规定：“男女双方自愿离婚的，准予离婚”，是指协议离婚。协议离婚有两种情况包括在民政局婚姻登记机关申请离婚登记，由民政局颁发离婚证解除婚姻关系和在法院由法庭调解达成离婚协议，法院作出离婚裁定两种情况。这两种情况的法律结果都是解除了法定的婚姻关系。
因此，在法院也可以协议离婚。
二、怎样在法院协议离婚
实践中，我国人员流动情况非常突出，男女双方可能均不在户口所在地生活和工作也是普遍现象，比如，男女双方户口分别在山东和河南，但人却分别在上海或深圳工作，一般来说，双方去民政局办理协议离婚，只能回山东和河南户籍所在地民政局婚姻登记机关办理。而其实协议离婚不仅仅是在民政局办理，也可以在一方住所地或经常居住地法院办理。
如果双方符合了协议离婚的条件，而回户口所在地办理离婚手续交通费用和时间成本较高的话，不如通过诉讼方式调解离婚，比如在上海或者深圳，大多数基层人民法院都设有速裁庭、简易法庭或称便民法庭，对此这类案件若文书齐全、操作得当，当天就可以办理完毕，诉讼费最低只为50元。
法院出具的不是离婚证，而是民事调解书。民事调解书一经签订即产生同判决书同等法律效力，而且从某种程度上说，民事调解书的效力要较离婚证更高，一方不履行调解书内容，对方可直接申请法院强制执行。因此在法院调解离婚是现代都市男女，尤其是户口不在就业地的男女的较好的选择。
